ખજરાના મંદિર ઈન્દોરનું પ્રખ્યાત ગણેશ મંદિર છે. આ મંદિર વિજય નગરથી થોડે દૂર ખજરાના ચોક પાસે આવેલું છે. આ મંદિરનું નિર્માણ અહિલ્યાબાઈ હોલકરે કરાવ્યું હતું. મંદિરમાં ભગવાન ગણપતિની મુખ્ય મૂર્તિ સિંદૂરથી જ બનાવવામાં આવે છે. આ મંદિરમાં ગણેશજી ઉપરાંત દેવી દુર્ગાનું મંદિર, મહાકાલેશ્વરનું ભૂગર્ભ શિવલિંગ, મગર પર ગંગાજીની જળપ્રવાહની મૂર્તિ, લક્ષ્મીજીનું મંદિર, તેમજ હનુમાનજીનું મંદિર છે.
અહીં ગણેશજી ઉપરાંત શનિદેવ અને સાંઈનાથનું ભવ્ય મંદિર પણ છે. આ જ કારણ છે કે આ સ્થાન પર આવનારા કેટલાય દેવી-દેવતાઓ વચ્ચે પોતાને દેવલોકમાં ભ્રમણ કરતા અનુભવે છે. મંદિરની સમગ્ર વ્યવસ્થા ખૂબ જ સારી ગુણવત્તાની છે. આ મંદિરમાં દરરોજ 10,000 થી વધુ લોકો આવે છે. મુખ્ય મંદિર ઉપરાંત મંદિર પરિસરમાં અન્ય 33 નાના-મોટા મંદિરો છે.
આ મંદિર વિશે પ્રસિદ્ધ છે કે અહીં દરેકની મનોકામના પૂર્ણ થાય છે. અહીં જે ભક્ત પોતાની મનોકામના પૂર્ણ કરવા માટે ગણેશજીની પીઠ પર ઊંધું સ્વસ્તિક બનાવે છે, ગણપતિજી તેમની મનોકામના પૂર્ણ કરે છે. મનોકામના પૂર્ણ થયા પછી, ભક્તો ફરીથી સ્વસ્તિકને સીધું કરવા માટે અહીં આવે છે. તેવી જ રીતે ઈચ્છાને ધ્યાનમાં રાખીને અહીં દોરો બાંધવાની પરંપરા છે. જ્યારે ઇચ્છા પૂર્ણ થાય છે, ત્યારે તે દોરો ખોલવામાં આવે છે.
